Tras la fuga de KTM, la temporada 2009 se presentaba como un monomarca Aprilia en el que Simoncelli y Bautista serían los protagonistas, pero junto a ellos habría unos cuantos secundarios con mucho potencial (Talmacsi, Di Meglio) o necesitados de buenos resultados (Barberá, Pasini, Debón, Luthi). Pocos repararon en que Honda permanecía en el campeonato y que Takahashi había firmado un gran final de temporada, pese a sus problemas físicos, subiendo varias veces al pódium (Misano, Cheste) gracias a una Honda que se estaba mostrando (en términos de velocidad punta, porque el chasis siempre funcionó bien) mucho más competitiva que cuando estaba en manos de Dovizioso. Además la salida de KTM promovió la vuelta a casa de Aoyama, quien tenía una amplia experiencia con la RSW, pues fue precisamente él quien se encargó del desarrollo (tanto en Japón como en el mundial) de la máquina de HRC.
Durante la pretemporada Aprilia apenas realizó cambios en sus motos. El mayor cambio vino de los nuevos compuestos que Dunlop puso a disposición de los pilotos y que obligaron a trabajar en la puesta a punto. Mientras en Noale existía cierta relajación ya que daban el título por seguro, en el Team Scott trabajaban al máximo para mejorar la Honda RSW una vez que HRC les dio permiso para evolucionar la moto por su cuenta. Además tenían a su disposición los datos de telemetría y reglajes de temporadas anteriores lo que también sería de gran ayuda. Simoncelli y Bautista fueron los grandes dominadores de la pretemporada aunque hubo otros pilotos que dejaron buenas sensaciones. Barberá fue evolucionando poco a poco tras su lesión y Aoyama firmó cronos interesantes en algunos circuitos. Entre los novatos, Di Meglio sorprendió por su rápida adaptación pero Talmacsi tampoco se quedaba atrás y ambos superaron en los entrenamientos a pilotos con más experiencia.
La temporada comenzó con el desconcertante fin de semana de Qatar. Simoncelli llegó con una reciente lesión en el escafoides y su participación estaba en el aire. Además la lluvia caída durante la prueba de 125 hizo que la carrera de 250 se disputara a la mitad de las vueltas previstas y con un asfalto en malas condiciones. Barberá se hizo con la victoria mientras Bautista sufría por su mala salida y por un prematuro desgaste de los neumáticos. Con la baja de Simoncelli, Álvaro perdía una buena oportunidad de sacar puntos a su mayor rival. Aoyama finalizó cuarto superando por rebufo (sorprendentemente) a dos pilotos en la última vuelta. Un resultado muy positivo teniendo en cuenta que el de Qatar es uno de los trazados que peor le podía ir a las Honda. En Motegi Bautista supo recuperarse de su mala salida y remontó hasta ganar en solitario, favorecido por los problemas mecánicos de un Simoncelli muy recuperado de su lesión. Aoyama subía al pódium en casa pero sin poder llevarse lavictoria delante de sus aficionados. Sin embargo el japonés pudo vengarse en Jerez tras realizar un planteamiento de carrera brillante, y se postulaba como un contendiente al título dado su liderato, aunque serían los circuitos rápidos los que medirían sus posibilidades reales. Simoncelli finalizaba tercero tras un fin de semana lleno de problemas con el tren delantero (sufrió dos caídas en entrenos y en carrera estuvo a punto de irse al suelo) y acumulaba una importante desventaja en el campeonato.
Las citas de Le Mans y Mugello tuvieron a la lluvia como protagonista, circunstancia queMarco aprovechó para lograr buenos resultados (primero y segundo respectivamente) y recortar puntos. Sin embargo en Mugello protagonizó una maniobra punible en la que sacó de pista a Bautista. Aunque no le sancionaron, el aviso recibido por parte de la Dirección de carrera le obligaría a ser más prudente de ahí en adelante. La carrera de Montmeló fue plenamente satisfactoria para Álvaro al conseguir la victoria y aumentar las diferencias con un Simoncelli que se fue al suelo cuando más fuerte parecía. Aoyama finalizó segundo tras dos carreras bastante flojas y lo hizo sobreponiéndose a los problemas técnicos de su Honda. Bautista lideraba el campeonato con bastante ventaja sobre el piloto de Gilera, pero Aoyama estaba a pocos puntos y empezaba a demostrar que, a base de regularidad, sería un candidato serio al título. Bautista se encontraba en un momento dulce. Las salidas eran su único punto débil pero hasta entonces no le habían pasado factura y su buen trabajo se veía recompensado por el interés de varios equipos de MotoGP. Por un lado Suzuki volvía a apostar por él mientras que Aspar, que estaba terminando de definir su proyecto en MotoGP, intentaba persuadirle para que firmara con él.
Mientras el mercado de fichajes se iba llenando de rumores el campeonato continuaba y la cita de Assen dio un vuelco a la situación del cuarto de litro. Álvaro e Hiroshi ejercieron como líderes y pelearon durante la prueba por la victoria, pero un error de cálculo de Bautista le hizo chocar con Aoyama y le impidió sumar puntos mientras su rival sumaba su segunda victoria de la temporada y recuperaba el liderato. Esta caída marcó la temporada del talaverano, quien a partir de ahí fue de más a menos. En Sachsenring y Donington sus opciones de victoria se esfumaron tras una desastrosa salida ya que en ambas citas demostró tener un ritmo con el que habría podido vencer. Durante el parón veraniego Álvaro estuvo pensando mucho sobre su futuro en MotoGP y llegó a declarar que podría hacerlo bien sobre la Ducati al tener un pilotaje parecido al de Stoner; un claro guiño hacia Aspar. Pero no tardó en decantarse por la opción de Suzuki, una fábrica que lleva mucho tiempo en horas bajas, pero que al menos le permite ser piloto oficial desde el principio. Darle la noticia a Aspar fue seguramente uno de los peores tragos por los que ha tenido que pasar Bautista, ya que Jorge apostó por él cuando nadie lo quería y siempre le dio el mejor material permitiéndole vivir juntos la mejor etapa de su carrera deportiva.
La temporada continuó en Brno con una victoria de Simoncelli que, aprovechando la mala salida de Bautista, abrió hueco con todos menos con Pasini quien no se mostró muy combativo en las últimas vueltas. Tras todas las caídas sufridas en la primera mitad de la temporada, Marco decidió volver a utilizar la horquilla delantera del año anterior y su confianza mejoró notablemente con este cambio. Mientras tanto Bautista trataba de mantener la mente centrada en el campeonato, pero tenía que convivir con Aspar y la relación entre ambos se enrareció. Ambos seguían dando el máximo para obtener el título, pero en sus comparecencias públicas se veía a un Álvaro muy nervioso cuando tenía que hablar de MotoGP mientras que Jorge no dudaba en declarar públicamente (de muy buenas maneras, eso sí) que la decisión de fichar por Suzuki le había decepcionado. Probablemente estos problemas terminaran afectando al rendimiento del piloto quien ya no encontraba tanta serenidad en el box como antaño. De hecho, de ahí en adelante se vio una de las peores versiones de Bautista en 250. En Indianápolis una mala salida le volvió a condenar en la que fue su última buena carrera en el cuarto de litro, ya que al menos fue capaz de realizar una gran remontada y de mantener un ritmo muy alto.
La fase decisiva del campeonato comenzaba en San Marino y Álvaro tuvo problemas de puesta a punto durante todo el fin de semana, tal y como le había sucedido el año anterior. Le costaba marcar buenos cronos en entrenamientos porque al salir con depósito lleno la moto era difícil de conducir. Comparando con las primeras carreras del año, se veía a un Bautista que tenía problemas para hacer girar la moto, como si ésta fuera muy pesada, y no encontraba unos buenos reglajes para el tren delantero que le dieran mayor agilidad a su moto. Si a esto le sumamos sus malas salidas y las dificultades para superar a los pilotos que frenaban tarde, el resultado era lógico: Álvaro sufría encima de la moto para conseguir resultados aceptables. En Misano sufrió lo indecible para terminar, in extremis, por delante de Aoyama. La nota positiva era que su compañero estaba cada vez más entonado y no dudaba en ayudarle durante las carreras. Las tres pistas que precedían al Gran Premio de Valencia (Estoril, Phillip Island y Sepang) se presentaban a priori como muy favorables para el piloto español y para su montura. Sin embargo todo se torció con la caída sufrida en el trazado portugués, por culpa de un gripaje. Sus opciones al campeonato pasaron de golpe a ser muy reducidas, sobre todo teniendo en cuenta que Simoncelli llevaba ya tres victorias consecutivas y parecía el piloto más en forma de la categoría.
En Phillip Island y Sepang el guión habitual se repitió. Mala salida que le obligó a remontar y después dos caídas poco habituales, probablemente fruto de la falta de concentración. Con estos resultados no solo vio como se le escapaba el mundial, sino que primero Simoncelli y después Barberá le superaron en la clasificación, dejándole en un cuarto puesto claramente decepcionante. En Cheste no pudo despedirse de la categoría de forma positiva, ya que volvió a tener problemas en los entrenamientos y no realizó una gran salida. El segundo puesto firmado en carrera se debió a los errores de sus rivales (Aoyama, Simoncelli, Di Meglio) y no a un rendimiento acorde con su categoría. Y es que, en general, esa ha sido la nota dominante en su paso por el cuarto de litro. Álvaro ha dado muestras de su calidad como piloto pero ha mostrado demasiados lunares que le han alejado del título año tras año. Su progresión como piloto no ha sido la ideal y, en situaciones de presión, su rendimiento ha bajado. Aunque su llegada a MotoGP se producirá sin un título que muchos daban por seguro, Bautista deberá demostrar, con la poco competitiva Suzuki, que tiene una plaza entre los grandes.