Tras la ilusionante cita inaugural, los medios dedicaron muchos artículos a profundizar en la tensión existente, especulando sobre el odio que se profesaban ambos pilotos. El ambiente en Jerez, la segunda cita del año, era espectacular, aún más caliente de lo habitual (Edwards bromeaba diciendo que incluso a él le afectaba este ambiente y que no había visto nada igual). La grada comenzaba a “dividirse” para apoyar exclusivamente a uno u otro piloto, algo que hasta entonces no había sucedido. Lorenzo se hizo con su segunda pole consecutiva y Pedrosa partiría a su lado. Ambos pilotos parecían los máximos favoritos a la victoria dada la superioridad de los neumáticos Michelin. Cuando Lorenzo y Pedrosa se encontraron en el corralito, tras los entrenamientos, Jorge le quiso dar la mano a Dani pero se negó porque Lorenzo hablaba mal de él en la prensa. Mientras estaban en la parrilla, se podía ver a Alberto explicarle a Dani, con vehemencia, la estrategia a seguir en carrera. Los managers de los pilotos estaban deseosos de que sus pupilos batieran a su rival, y esto aumentaba aún más la presión que debían soportar. Pedrosa cumplió con su parte y atacó desde la primera vuelta, consiguiendo una ventaja que le condujo a la victoria. Jorge tuvo que pelear contra Valentino, pero no logró inquietarle y finalizó tercero, un resultado positivo pero que estaba por debajo de lo que esperaba. Tras la carrera no se produjo ningún gesto de acercamiento y el rey intentó mediar forzando un saludo que captaron las cámaras. Este pique infantil, que los managers se dedicaron a fomentar con sus declaraciones, les servía para estar más motivados. El lunes posterior al Gran Premio, Jorge realizó unos test en los que demostró un ritmo de carrera increíble, y mejoró el rendimiento de la moto con las gomas gastadas.
En Portugal continuó la guerra entre españoles y la superioridad de los neumáticos Michelin. Lorenzo firmó la tercera pole consecutiva y mostró un ritmo ganador. Dani intentó repetir el guión de la carrera de Jerez, pero Rossi y Lorenzo le atacaron en la tercera curva para evitar su escapada. Valentino rodaba primero, pero su ritmo era lento por lo que su posición en carrera sería muy importante. El piloto que se pusiera en cabeza podría abrir un hueco mientras Rossi ralentizaba a su rival. Esto fue lo que sucedió cuando Lorenzo se puso primero y Dani perdió unos metros que resultaron decisivos. Pedrosa tenía menos velocidad punta que las M1 (algo sorprendente ya que las RCV siempre destacaban en este apartado) pero tampoco era capaz de recortar las diferencias en las frenadas, con lo que no tuvo ninguna opción de atrapar a un Lorenzo que marcó la vuelta rápida en la última vuelta. Jorge se estrenó en MotoGP en su tercera carrera en la categoría, mientras que Dani lo había hecho en la cuarta. Su guerra no solo estaba en la pista y en las declaraciones, las estadísticas también contaban. Lorenzo estaba realizando uno de los mejores debuts en la historia de la categoría, apoyado en el funcionamiento de la M1 (la moto había dejado atrás todas las carencias del 2007 y se adaptaba a su pilotaje) y de los Michelin. Pero la temporada de Lorenzo estaba a punto de dar un giro negativo e inesperado.
En China Jorge sufrió una dura caída en entrenamientos que le ocasionó lesiones en los tobillos. En carrera tuvo que luchar y remontar mientras su compañero iniciaba una racha de tres victorias consecutivas y Dani se mantenía arriba en la general gracias a su regularidad. Lorenzo llegó tocado a Le Mans y tuvo algún susto (una caída y una salida de pista) que hacía dudar de sus posibilidades. Aunque no estaba en su mejor momento sumaba puntos en todas las carreras y mantenía sus opciones al título. Pero en Mugello sufrió una caída al tratar de adelantar a Dovizioso y, dos semanas más tarde, en Montmeló, tuvo un accidente grave que le impidió disputar la carrera y le hizo replantearse su forma de correr. Coincidiendo con el peor momento de Jorge en MotoGP, Dani logró su segunda victoria y, tras el error de Rossi en Assen, se puso líder del mundial. Pero el campeonato dio un vuelco en Sachsenring. Dani se fue al suelo mientras trataba de aumentar las diferencias con sus perseguidores. Las consecuencias de la caída fueron muy negativas ya que volvió a lesionarse. Lorenzo tampoco tuvo suerte, volvió a caerse y continuó perdiendo puntos respecto a sus rivales. De ahí en adelante, el campeonato se convirtió en una pelea entre Rossi y Stoner en la que Jorge y Dani no pudieron inmiscuirse.
La segunda parte de la temporada fue muy negativa para ambos. Pedrosa, impedido por sus lesiones, no salió a carrera en Laguna Seca. Lorenzo sufrió una fuerte caída y ni siquiera pudo completar una vuelta en un trazado en el que tenía muchas ganas de hacerlo bien. En Brno la debacle de Michelin fue total y Dani hizo el ridículo finalizando penúltimo mientras que Jorge peleó con Dovizioso por posiciones poco destacables. Tras la cita de Misano, Pedrosa cambió a Bridgestone e inició un periodo de adaptación a las gomas japonesas en el que no pudo conseguir ninguna victoria, aunque finalizó segundo en Cheste. Lorenzo tuvo una leve mejoría en las últimas pruebas, tanto en los entrenamientos como en carrera, y subió al pódium en Misano e Indianápolis. Pero volvió a caerse en Sepang y le costó entrar en el TOP 5. En Motegi, Jorge y Dani protagonizaron el que, hasta la fecha, ha sido su único duelo de última vuelta en MotoGP. Pedrosa y su RCV le ponían difíciles las cosas debido a su superioridad en aceleración. Jorge reducía las diferencias en las frenadas, pero nunca llegaba lo suficientemente cerca como para atacar. A pocas curvas del final, Lorenzo lo intentó y tocó ligeramente a Dani, pero no le adelantó y se tuvo que conformar con el cuarto puesto.
La temporada no fue especialmente buena para ninguno de los dos, aunque ambos dejaron alguna nota positiva. Pedrosa volvió a mostrar su fragilidad y sus problemas en las frenadas, pero consiguió realizar una primera mitad de campeonato muy buena que le habría permitido luchar por el título si no se hubieran dado ciertas circunstancias (la lesión y el bajón de Michelin).Por su parte, Lorenzo demostró estar al nivel de Rossi, Stoner y Pedrosa y fue capaz de batirles en las primeras carreras. Además su adaptación a la M1 y a la categoría fue muy buena y le sirvió para hacerse con el premio al rookie del año. Sin embargo, tuvo muchas caídas, le costó encontrar el camino en algunos momentos y esto hizo que Dovizioso fuera, en algunas fases de la temporada, más competitivo que él pese a tener una moto inferior. Jorge finalizó la temporada cuarto, mejorando la posición de Pedrosa en su estreno, pero consiguió menos victorias, menos podios y menos puntos que él. En 2009, con la entrada en vigor del nuevo reglamento monogoma, se esperaba ver una lucha más igualada entre ambos.