Tras la ilusionante cita inaugural, los medios dedicaron muchos artículos a profundizar en la tensión existente, especulando sobre el odio que se profesaban ambos pilotos. El ambiente en Jerez, la segunda cita del año, era espectacular, aún más caliente de lo habitual (Edwards bromeaba diciendo que incluso a él le afectaba este ambiente y que no había visto nada igual). La grada comenzaba a “dividirse” para apoyar exclusivamente a uno u otro piloto, algo que hasta entonces no había sucedido. Lorenzo se hizo con su segunda pole consecutiva y Pedrosa partiría a su lado. Ambos pilotos parecían los máximos favoritos a la victoria dada la superioridad de los neumáticos Michelin. Cuando Lorenzo y Pedrosa se encontraron en el corralito, tras los entrenamientos, Jorge le quiso dar la mano a Dani pero se negó porque Lorenzo hablaba mal de él en la prensa. Mientras estaban en la parrilla, se podía ver a Alberto explicarle a Dani, con vehemencia, la estrategia a seguir en carrera. Los managers de los pilotos estaban deseosos de que sus pupilos batieran a su rival, y esto aumentaba aún más la presión que debían soportar. Pedrosa cumplió con su parte y atacó desde la primera vuelta, consiguiendo una ventaja que le condujo a la victoria. Jorge tuvo que pelear contra Valentino, pero no logró inquietarle y finalizó tercero, un resultado positivo pero que estaba por debajo de lo que esperaba. Tras la carrera no se produjo ningún gesto de acercamiento y el rey intentó mediar forzando un saludo que captaron las cámaras. Este pique infantil, que los managers se dedicaron a fomentar con sus declaraciones, les servía para estar más motivados. El lunes posterior al Gran Premio, Jorge realizó unos test en los que demostró un ritmo de carrera increíble, y mejoró el rendimiento de la moto con las gomas gastadas.
En Portugal continuó la guerra entre españoles y la superioridad de los neumáticos Michelin. Lorenzo firmó la tercera pole consecutiva y mostró un ritmo ganador. Dani intentó repetir el guión de la carrera de Jerez, pero Rossi y Lorenzo le atacaron en la tercera curva para evitar su escapada. Valentino rodaba primero, pero su ritmo era lento por lo que su posición en carrera sería muy importante. El piloto que se pusiera en cabeza podría abrir un hueco mientras Rossi ralentizaba a su rival. Esto fue lo que sucedió cuando Lorenzo se puso primero y Dani perdió unos metros que resultaron decisivos. Pedrosa tenía menos velocidad punta que las M1 (algo sorprendente ya que las RCV siempre destacaban en este apartado) pero tampoco era capaz de recortar las diferencias en las frenadas, con lo que no tuvo ninguna opción de atrapar a un Lorenzo que marcó la vuelta rápida en la última vuelta. Jorge se estrenó en MotoGP en su tercera carrera en la categoría, mientras que Dani lo había hecho en la cuarta. Su guerra no solo estaba en la pista y en las declaraciones, las estadísticas también contaban. Lorenzo estaba realizando uno de los mejores debuts en la historia de la categoría, apoyado en el funcionamiento de la M1 (la moto había dejado atrás todas las carencias del 2007 y se adaptaba a su pilotaje) y de los Michelin. Pero la temporada de Lorenzo estaba a punto de dar un giro negativo e inesperado.
En China Jorge sufrió una dura caída en entrenamientos que le ocasionó lesiones en los tobillos. En carrera tuvo que luchar y remontar mientras su compañero iniciaba una racha de tres victorias consecutivas y Dani se mantenía arriba en la general gracias a su regularidad. Lorenzo llegó tocado a Le Mans y tuvo algún susto (una caída y una salida de pista) que hacía dudar de sus posibilidades. Aunque no estaba en su mejor momento sumaba puntos en todas las carreras y mantenía sus opciones al título. Pero en Mugello sufrió una caída al tratar de adelantar a Dovizioso y, dos semanas más tarde, en Montmeló, tuvo un accidente grave que le impidió disputar la carrera y le hizo replantearse su forma de correr. Coincidiendo con el peor momento de Jorge en MotoGP, Dani logró su segunda victoria y, tras el error de Rossi en Assen, se puso líder del mundial. Pero el campeonato dio un vuelco en Sachsenring. Dani se fue al suelo mientras trataba de aumentar las diferencias con sus perseguidores. Las consecuencias de la caída fueron muy negativas ya que volvió a lesionarse. Lorenzo tampoco tuvo suerte, volvió a caerse y continuó perdiendo puntos respecto a sus rivales. De ahí en adelante, el campeonato se convirtió en una pelea entre Rossi y Stoner en la que Jorge y Dani no pudieron inmiscuirse.
La segunda parte de la temporada fue muy negativa para ambos. Pedrosa, impedido por sus lesiones, no salió a carrera en Laguna Seca. Lorenzo sufrió una fuerte caída y ni siquiera pudo completar una vuelta en un trazado en el que tenía muchas ganas de hacerlo bien. En Brno la debacle de Michelin fue total y Dani hizo el ridículo finalizando penúltimo mientras que Jorge peleó con Dovizioso por posiciones poco destacables. Tras la cita de Misano, Pedrosa cambió a Bridgestone e inició un periodo de adaptación a las gomas japonesas en el que no pudo conseguir ninguna victoria, aunque finalizó segundo en Cheste. Lorenzo tuvo una leve mejoría en las últimas pruebas, tanto en los entrenamientos como en carrera, y subió al pódium en Misano e Indianápolis. Pero volvió a caerse en Sepang y le costó entrar en el TOP 5. En Motegi, Jorge y Dani protagonizaron el que, hasta la fecha, ha sido su único duelo de última vuelta en MotoGP. Pedrosa y su RCV le ponían difíciles las cosas debido a su superioridad en aceleración. Jorge reducía las diferencias en las frenadas, pero nunca llegaba lo suficientemente cerca como para atacar. A pocas curvas del final, Lorenzo lo intentó y tocó ligeramente a Dani, pero no le adelantó y se tuvo que conformar con el cuarto puesto.
La temporada no fue especialmente buena para ninguno de los dos, aunque ambos dejaron alguna nota positiva. Pedrosa volvió a mostrar su fragilidad y sus problemas en las frenadas, pero consiguió realizar una primera mitad de campeonato muy buena que le habría permitido luchar por el título si no se hubieran dado ciertas circunstancias (la lesión y el bajón de Michelin).Por su parte, Lorenzo demostró estar al nivel de Rossi, Stoner y Pedrosa y fue capaz de batirles en las primeras carreras. Además su adaptación a la M1 y a la categoría fue muy buena y le sirvió para hacerse con el premio al rookie del año. Sin embargo, tuvo muchas caídas, le costó encontrar el camino en algunos momentos y esto hizo que Dovizioso fuera, en algunas fases de la temporada, más competitivo que él pese a tener una moto inferior. Jorge finalizó la temporada cuarto, mejorando la posición de Pedrosa en su estreno, pero consiguió menos victorias, menos podios y menos puntos que él. En 2009, con la entrada en vigor del nuevo reglamento monogoma, se esperaba ver una lucha más igualada entre ambos.
El duelo comenzó en los entrenamientos con una pole muy disputada que cayó del lado de Lorenzo por 3 milésimas; pero su rival tenía un ritmo de carrera ligeramente superior. Durante la carrera de 125 cayeron algunas gotas de agua lo que influyó en la prueba de 250 ya que, inicialmente, el asfalto no estaba en las mejores condiciones. Dani se mantuvo en la cola del grupo para no gastar los neumáticos mientras Jorge se mantenía en los primeros puestos, pero sin llegar a tomar el mando. A mitad de carrera, Pedrosa se aproximó al balear para tenerlo más controlado y, cuando Jorge lanzó su ataque, respondió firmando la vuelta rápida y colocándose en cabeza. A partir de ahí los dos pilotos mantuvieron un ritmo endiablado que les permitió distanciarse de sus rivales. Dani hacía derrapar su RSW a la salida de las curvas y Jorge intentaba ponerse en cabeza porque iba muy justo a su rueda. Lorenzo iba al límite cuando un doblado le molestó y le hizo perder unos metros que no pudo recuperar. Dani ganó con poco más de un segundo de ventaja y Jorge se tuvo que conformar con la segunda plaza. Tras la carrera reconoció que no habría podido ganar aunque el doblado no le hubiera molestado. Esta carrera fue el punto culminante de su rivalidad en la temporada 2005 y, afortunadamente, fue en la pista y no en los medios donde se zanjó la polémica. Dani demostró que en esos momentos era superior a su rival y Jorge dejó claro que era un gran piloto pero que aún debía pulir algunos aspectos. 
Dani logró el título en su primer intento y batió varios records de precocidad. Supo aprovechar mejor que nadie las virtudes de la Honda lo que le llevó a sumar siete victorias. La falta de experiencia con la moto, debido a la tediosa rehabilitación, no fue un impedimento para él gracias a una adaptación prodigiosa que no fue fruto de la casualidad. Antes de cambiar de categoría se quedaba viendo los entrenamientos de 250 y estudiando a sus futuros rivales. Además visionó muchas cintas de Daijiro Kato y le tomó como modelo en cuanto a trazadas y estilo de pilotaje. Cuando por fin se subió a la moto se dedicó a llevar a la práctica, sorprendentemente bien, la teoría que había aprendido. De ahí que, en una categoría menos competida que 125, no tuviera problemas para subir al pódium cuando sus rivales eran más fuertes que él. Su regularidad fue clave para tener el campeonato bastante controlado desde el principio y le permitió alternar carreras al ataque con otras más conservadoras. Sin embargo demostró tener algunos problemas en las luchas cuerpo a cuerpo y, por ello, acostumbraba a forzar desde el principio, aunque los neumáticos no estuvieran en las mejores condiciones. 
Pero no todo es optimismo en torno al actual defensor del título. Su desventaja es importante viendo la regularidad de Aoyama y sus innumerables caídas son un escollo que deberá resolver. Montmeló fue el único circuito en el que perdió el tren delantero en mitad de una carrera, pero en entrenamientos éstas se han producido con mucha frecuencia. Analizando las causas que pueden estar detrás de estas caídas es difícil encontrar un motivo. La RSA es exactamente igual que la del 2008, año en el que Marco apenas cometió errores (la tuvo en sus manos a partir del Gran Premio de Alemania, ya que antes llevó la RSW-LE). Además su experiencia con la moto y con los reglajes es mayor, lo que debería disminuir el número de errores. Su estilo de conducción, muy agresivo y que exige mucho al tren delantero, no ha sufrido variaciones respecto al año pasado. Puede que los nuevos compuestos que Dunlop introdujo en pretemporada no le den tanta confianza como los antiguos; o tal vez requieran una puesta a punto diferente para llevarlos al límite. En cualquier caso será difícil conocer el motivo hasta que termine la temporada ya que ni Marco ni su equipo confesarán el origen de su mayor debilidad.

